Von der Möglichkeit, einen Zweigverein zu bilden, machte die Gesellschaft erstmals 1858 Gebrauch. Sie gründete den Singverein als Zweigverein der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien und schuf damit eine bis heute optimal bewährte Organisationsform für ihre chorischen Aktivitäten. Ausschlaggebend für die Vereinsgründung war die Einsicht, dass Sängerinnen und Sänger, die nicht für ihre Leistung bezahlt werden und nicht durch Dienstverträge gebunden werden können, am besten durch den freiwilligen Zusammenschluss in einem von ihnen selbst mitgetragenen Verein zu motivieren sind. Auf dieser Basis hat sich der Singverein – als Amateurchor – zu einem der weltbesten Chöre entwickelt. Als Hauptzweck dieses Zweigvereins nennen die Statuten „die unentgeltliche Mitwirkung bei dem vom Verein veranstalteten Aufführungen und den dazugehörigen Proben“.

Analog zum Singverein wurde 1859 der ebenfalls bis heute bestehende Orchesterverein als weiterer Zweigverein gegründet. „Dem Orchesterverein der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien“, heißt es dazu in den Statuten, „obliegt als Zweigverein die Pflege und Förderung der Tonkunst, insbesondere der Orchestermusik durch Amateure.“

1990 kam mit dem Verein der Freunde des Archivs ein dritter Zweigverein der Gesellschaft der Musikfreunde hinzu. Anliegen dieses Zweigvereins sind, gemäß den Statuten, „die Forschung auf den Gebieten der Musikgeschichte, der Musiksoziologie, der musikalischen Aufführungspraxis, der Musiktheorie, der Geschichte des Tonsatzes und der Dokumentation des Musiklebens“.